东莞蚝岗遗址博物馆由体量不同、外观为红色或白色的几个建筑体块组成一个统一体。体块呈圆柱形或圆柱体的一部,一、二层屋顶隐喻蚝壳外形并以白色为基调,两道弧形红砂岩高墙(三层高)成为白色蚝壳的背景,显示了博物馆建筑的整体风貌。正门朝向西南,从正门进入,过道如同隧道,两侧墙呈露着挖掘之后露出的蚝壳堆积的地层。从南边踏步慢慢向上,沿着二楼互动展厅的弯弯的玻璃外墙,也可清楚看到分层堆积着蚝壳的原有地层地貌。整个博物馆建筑以红砂岩的红色和模拟蚝壳的白色为主调,清晰明丽,更以其圆柱形体量和弧形墙体,而与周围民居建筑明显区别开来,同时,层层升高的体量和上升的坡道与基地上的红砂岩岩石、蚝壳堆积和水池一起,传达着远古时代的讯息。